肛指检查在许多肛肠疾病的诊断中都有很多的效果，而且操作简便，所以是肛肠科医生常用的检查方法之一。但任何事物都不是万能的，肛指也不例外。例如肛指就不能用于肛裂检查。
肛裂的典型症状是疼痛、便秘、出血。排便时干硬粪便直接挤擦溃疡面和撑开裂口，造成剧烈疼痛，粪便排出后疼痛短暂缓解，经数分钟后由于括约肌反射性痉挛，引起较长时间的强烈疼痛，有的需用止痛剂方可缓解。因此肛裂患者恐惧排便，使便秘更加重，形成恶性循环。创面裂开可有少量出血，在粪便表面或便后滴血。检查时用双手拇指轻轻分开肛门口，即见溃疡面，新发生的肛裂边缘整齐、软、溃疡底浅，无疤痕组织，色红、易出血。慢性肛裂深而硬，灰白色，不易出血。裂口下方为“前哨痔”。
此外，临床上肛镜检查也不宜用于肛裂诊断，因为其与肛指检查一样，都会引起病人剧烈疼痛。
